Das Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte umfasst drei Abteilungen unter der Federführung von Etienne Benson (I+II) und Dagmar Schäfer (III). Außerdem gibt es Forschungsgruppen, mit jeweils einem*r Nachwuchsgruppenleiter*in oder Koordinator*in an der Spitze.

Das Institut umfasst außerdem eine auf Digital Humanities spezialisierte IT-Gruppe und eine International Max Planck Research School (IMPRS), Doktorand*innen sowie Kooperationen in Forschung und Lehre mit anderen Instituten auf der ganzen Welt.